PCr引物产物长度多少合适
㈠ 半定量RT-PCR设计引物时产物长度为多少合适 我说的是产物长度的限制哦
18-25bp
产物啊,半定量无所谓吧.
这年头为什么还做半定量呢,直接做q-pcr也不贵啊,产物80到500bp,偶喜欢100-300bp的样子.
㈡ pcr引物产物长度控制在多长合适
你是想问引物长度还是PCR产物长度?
引物一般20~25nt
产物在500~1000nt之间比较容易操作
㈢ pcr产物长度在800左右可以吗
不可以。
目的基因有700多,扩增产物长度只有200。这个就是引物选择的问题了,引物决定了扩增的起始位置,如果你选择的引物正好是500以后的位置,那么扩增产物长度就只有200了。
㈣ PCR引物设计时有哪些注意事项
引物设计参数:
a
引物长度一般在20bp左右,上下游引物碱基长度不要相差超过4个碱基。
b
引物退火温度一般在58度,不同软件TM使用不同的算法,primer3,primer
5,primer
6,primer
express等一般可以设置在55-58度,beacon
design可以设置在65左右。
c
GC含量一般没什么特殊要求,40-60最好,如果不好设计,30-80也是可以的。
d
产物长度在100-150,80-200也可以,不要在50bp左右,那样和引物二聚体不易区分,超过200bp可能会影响PCR扩增效率。
e
软件给出的引物不能有发卡结构和超过3-4个碱基的匹配,特别是3`端不能有碱基匹配,那样更容易形成二聚体。
f
引物设计好以后,在NCBI上做一个primer-blast,检测一下是否有非特异性扩增。
㈤ 为什么荧光定量PCR产物长度最好不要超过300bp
不能荧光定量PCR产旦筏测禾爻鼓诧态超卡物长度最好不要超过300bp 产物越长一次循环激发的荧光就越多达到荧光阈值需要的循环数就越少会使得CT值出现过晚,一般采用80-150bp的产物长度.
㈥ 普通的PCR,产物的长度一般要求多大合适
没有严格限制,主要限制性因素是酶,KOD可能到5000bp仍然不会有错P,但是其他的比如Taq在很少的时候就产生错P,错误的PCR产物(错P)才是我们要关注的要点
㈦ realtime pcr 引物设计原则 产物大小多少
1、引物长度一般为15-30bp,常用的为18-27bp,但不能大于38bp; 2、引物GC含量一般为40%-60%,以45-55%为宜,上下游引物GC含量和Tm值要保持接近; 3、引物所对应的模板序列的Tm值最好在72℃左右,至少要在55-80℃之间,Tm值曲线以选取72度附近为佳。
㈧ 为什么在进行pcr扩增引物设计中通常要求引物长度为20nt以上
引物浓度:引物浓度尽量按照酶的说明书给的浓度,自己再那个浓度再设置一个范围去摸索一下。也可以按照师兄师姐给的经验浓度自己去摸索一下,因为有时候说明书给的参数会是错的!这个真的很坑,所以第一次做的实验一定要找师兄师姐问清楚具体的参数和细节,避免走弯路、浪费试剂。不同的酶对引物浓度也可能会有点差别。引物浓度太低或太高了都会导致P不出来。有极少数情况,可能引物公司合成回来的引物F/R不对,比如R引物少了一半,所以引物溶解之后测一下浓度,自己根据OD和引物长度对应的摩尔量换算一下看对不对,但是这样的情况很少,我三年只遇到过一次,这样公司真的很坑爹!(因为我一模一样的重复了两次EMSA,发现结果跟之前的不对,最后排除问题发现是引物的一条少了一半,当时浪费了我一整天的时间,真的很心酸,这种奇葩的问题都能被我遇到。)如果是的话,和公司反应重新合成就行了。还有就是引物是否降解。
引物设计是否合理:这个你可以设计好之后,让师兄师姐帮忙检查一下,避免设计的引物有问题,导致后面实验不断重复还找不到原因。
3)DNA聚合酶:我们实验室用的是KOD FX,这个酶很好用,扩增能力很强,保真性也挺高。酶要保存在-20,用的时候也要放在冰上,加完就尽快放回-20,这样对酶的保护是比较好的,避免因为保存不当,一管酶用到后面活性下降了,导致扩增不出来。有时候一种酶扩增不出来就换一种试试,实验只能不断尝试了,失败多了就有自己的经验了。用之前一定要认真看说明书,有时候认真看了说明书,你还能学到一些知识。