怎样看力场文件中原子的对应

A. 如何对gromacs中的OPLS力场参数进行修改

简单的说一下3.3.1版本的OPLS力场如何添加吧
gromacs中OPLS力场涉及文件为
ffoplsaa.atp （原子在力场中的编号）
ffoplsaa.itp （力场的形式，混合规则，参考文献，在哪个文件中包含键，角，二面角势能参数，哪个文件中包含非成键的势能参数，等等）
ffoplsaabon.itp （键，角，二面角势能参数）
ffoplsaanb.itp （非成键的势能参数，主要是LJ势能和静电作用）
－－－－－－我是不华丽的分割线－－－－－－－－－－－－
在atp文件中给新原子一个新编号，然后在ffoplsaabon.itp 和ffoplsaanb.itp 中加入力场参数基本就可以了。
在添加过程中注意参数的单位和形式，尤其是二面角的，gromacs不是用的傅立叶形式，而文献中OPLS力场一般都是给的傅立叶形式。转换关系在manual里面有
PS：如果要添加新的残基，还需要在*.rtp，*.ddb和*.hdb文件中做一点修改，具体修改可以参考manual。
在具体使用的时候，可以给每个残基写一个itp，然后在一个top文件中将所有itp文件整合起来。具体可参见例子里面对水的top文件的描述。
当然，也可以将所有信息写在一起，但是那样会非常非常的不好看，一般过1个月就基本忘了当初写的是什么了。如果你的分子还是有那么7～8个原子，还是分开写的好。

B. dmol3结果文件能看每个原子的的能量吗

dmol3结果文件能看每个原子的的能量
Dmol3是独特的密度泛函理论量子力学软件，可以研究气相、溶液、表面和固体系统。由于它独特的静电学近似，Dmol3一直是最快的分子密度泛函计算方法之一，使用非局域化的分子内坐标，可以快速优化分子和固体系统的结构。
使用LST/QST算法和共扼梯度结合，Dmol3可以有效地搜索过渡态，避免了耗时的黑塞矩阵的计算。过渡态搜索功能可以应用于分子和周期系统。
CASTEP基于总能量的平面波赝势理论，运用原子数目和种类来预测包括晶格参数、分子对称性、结构性质、能带结构、固态密度、电荷密度和波函数、光学性质。高效并行版本可以模拟包含数百原子的大系统。

C. 力场中的原子类型指的是

力场中的原子类型指代的就是原子形式或者参数不一样。

一个力场通常包括三个部分：原子类型，势函数，和力场参数。也就是说不同的力场，他们的函数形式可能不一样，或者函数形式一样而力场参数不一样。

分子力场有很多，比如生物模拟常用的AMBER， CHARMM， OPLS， GROMOS，材料领域常用的CFF， MMFF， COMPASS等等。

力场参数的背后

由于力场参数是拟合训练基分子得到的，迁移性问题还包括状态迁移性问题，就是说所拟合的实验数据是常温常压下测量的，然后你模拟的可能是高温高压下的，那么分子力学的准确性也会降低。这些都属于分子力场的局限性。

分子力场参数都是拟合特定分子的数据而生成的，比如，面向生物模拟的力场选择生物领域的分子模拟得到参数，而材料的，则侧重选择材料方面的分子。这些被拟合的分子成为训练集(training set)。

D. dmol3结果文件能看每个原子的的能量吗

在properties 勾选上population analysis，算完后，分析的时候population analysis，单击assign，然后在结构图的窗口中label－》spin，可以显示每个原子的磁矩

E. 如何获得potcar里面原子最大能量值emax

如何获得potcar里面原子最大能量值emax
可以理解为分子力学模拟中的力场文件 但包括的信息更多
VASP4.6将各元素优化的INCAR里的参数也包括在这里了，作为支持PREC的缺省选择
通常各元素的POTCAR已经包括在软件包里了
我们只需要按照POSCAR里的顺序，将各元素的POTCAR按顺序连接起来就可以了

F. 如何直观看出ms中.xsd文件中原子个数

您好，我来为您解答：
右键选择display style ----Lattice----在style下面选择original，
这样你就能看到你所建模型有几个原子了。
如果我的回答没能帮助您，请继续追问。

G. 原子中心力场近似是什么概念啊结构化学的！

在多电子原子中，除了核对电子有静电引力外，电子之间还有排斥作用。

量子化学（结构化学）中有很多种方法描述这些排斥力，以便建立薛定谔方程中的势能算符，解薛定谔方程。中心力场是比较简单的方法。

中心力场法是将原子中其他电子对某一个电子的排斥作用，看成是球对称的，只与径向有关的力场，与角度无关。这样某个电子受到其他电子的排斥作用可看做与核对电子的静电引力方向相反，相当于减少了核的吸引。